Die Burgruine zählt zu den eigenartigsten Burgen Bayerns und bildet mit ihrer markanten Gipfelbefestigung auf einem schroff aufragenden Granitkamm ein Wahrzeichen der Grenzregion im Norden der Oberpfalz, der Gemeinde Flossenbürg und des Naturparks Nördlicher Oberpfälzer Wald.
Um 1100 wurde die Burg von den mächtigen Grafen von Sulzbach gegründet. So weit reicht jedenfalls die älteste Bausubstanz auf der Gipfelburg zurück.
Im Jahr 1125 fand die Befestigung anlässlich einer Übertragung benachbarter Güter des Grafen Berengar als "Castum Flozzen" (Burg Floß = Flossenbürg) erstmals Erwähnung. Benannt nach dem in der Nähe entspringenden Flüsschen Floß war die Burg das herrschaftliche Zentrum eines mittelalterlichen Rodungsgebietes, aus dem Wege über den Kamm des Grenzgebirges nach Böhmen führten. Sie diente wohl auch als einer der Wohnsitze des Sulzbacher Hochadels. So soll sich Graf Gebhard II. sogar nach ihr benannt haben.
Nachdem Gebhard im Jahr 1188 ohne männliche Nachkommen verstorben war, erwarb Kaiser Friedrich Barbarossa den Burgbezirk, wodurch Flossenbürg zu einer staufischen Kaiserburg wurde.
In diesen Jahrzehnten entstand der mächtige vorgeschobene Turm aus Buckelquadern, doch muss spätestens damals auch das Areal der Vorburg befestigt gewesen sein.
Bereits 1212 vorübergehend an den Böhmenkönig Ottokar abgetreten, kam die Burg 1251 als Pfand von Kaiser Konrad IV. an den bayerischen Herzog Otto von Wittelsbach
Mit dem Aussterben der Staufer im Jahr 1268 erbten die Wittelsbacher Flossenbürg. Ansprüche des Reiches an der böhmischen Krone führten dann aber zu einer Reihe von Besitzerwechseln und Verpfändungen. Erst ein Jahrhundert später konnten die Wittelsbacher die Burg wieder unter ihre Hoheit bringen. In der Folge lösten sich verschiedene wittelsbachische Linien als Eigentümer der immer wieder gepfändeten oder als Lehen ausgegebenen Anlage ab.
Nach dem Landshuter Erbfolgekrieg wurde die Region im Jahr 1505 dem neu gegründeten Herzogtum Pfalz-Neuburg zugesprochen, doch war bereits davor der böhmische Adlige Dietrich (Gottersich) von Guttenstein für seine Kriegsdienste mit Schloss und Herrschaft Flossenbürg belohnt worden. Unter ihm erfuhr die Burg mit dem Einziehen der mächtigen Quermauern zur zusätzlichen Sicherung des Wohn- und Wirtschaftskomplexes ihren letzten größeren Ausbau.
Nach der Beendigung von Streitigkeiten mit den Erben des Guttensteiners besetzten die pfälzischen Wittelsbacher ihre Burg wieder mit einem herrschaftlichen Pfleger, doch galt die teilweise verfallene Anlage schon in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts als nicht mehr angemessene Behausung. So wurde Baumaterial für der Schloss Vohenstrauß abtransportiert.
Das Ende der Burg kam im Dreißigjährigen Krieg, als hier einquartierte, mit den Schweden verbündete Truppen bei ihrem Auszug in die Anlage 1634 in Brand steckten.
Erst in den 1980er Jahren setzte die gezielte Freilegung und Sicherung von Mauerresten der verfallenen Burgruine nach denkmalpflegerischen Gesichtspunkten ein.
(Quelle: Infotafel bei der Burg)
Juli 2014