Bei seiner ersten urkundlichen Erwähnung geht der Ort Bad Mergentheim auf einen fränkischen Königshof zurück. Es wird vermutet, dass die hier 1098 genannten Herren von Mergentheim einen befestigten Burgsitz hatten.
Im Laufe des 12. Jahrhunderts erbten die Herren von Hohenlohe den Besitz zahlreicher Güter. Die drei Brüder Heinrich, Andreas und Friedrich von Hohenlohe waren Deutschritter. Sie schenkten 1219 dem damals neu gegründeten Deutschen Orden ihren Besitz in Mergentheim.
Der befestigte Sitz wurde zu einer Wasserburg ausgebaut. Die Burgkapelle an der Ostseite und der Palas an der Südseite entstand 1255.
1339 wurde die Anlage erneut erweitert.
Die Burg entwickelte sich in der Folgezeit zur bevorzugten Residenz der Deutschmeister.
Im Bauernkrieg 1525 wurde die Burg Hauptsitz des Deutschmeisters bis zur Auflösung des Fürstentums 1803 und der Aufhebung des Ordens 1809.
Die mittelalterliche Wasserburg wurde zwischen 1568 und 1628 ausgebaut.
Zwischen 1730 und 1799 wurden die Gebäude im barocken Stil umgebaut.
Die Schlosskirche wurde in den Jahren 1730 - 1736 erbaut von den Hochmeistern Franz Ludwig Herzog von Pfalz-Neuburg und Cclemens August Herzog von Bayern. Planung und Bauleitung erfolgten durch Franz Joseph Roth.
Balthasar Neumann und Francois Cuvilliés d. Ä. waren beratend tätig.
Seit 1817ist sie Kirche der evang. Gemeinde, sie wurde 1987-1996 renoviert.
September 2021